Poco se conoce de los orígenes de esta ermita ubicada en el segundo recinto de la Alcazaba vieja de Almería, aunque por su advocación dedicada a San Juan, la primera consagración del espacio pudiera deberse a los Reyes Católicos tras la conquista de la ciudad. Cabe recordar que la dilatada vinculación espiritual y protectora de los citados monarcas con el santo evangelista, los llevó a incluir el águila en su escudo de armas.

Volviendo a los orígenes hispanomusulmanes de este espacio, debe apuntarse que la Alcazaba de Almería se ejecuta en época califal sufriendo numerosas adaptaciones, debido al paso de distintos ocupantes. La fortaleza se amplió para acoger la sede de la taifa, enriqueciendo sus palacios en época almorávide y refortificando sus defensas bajo la administración almohade y nazarí. La decadencia de la ciudad se inicia tras su ocupación cristiana entre 1147 y 1157.

La existencia de un espacio dedicado al culto dentro del recinto intramuros se conoce gracias al Libro de Cuentas Árabe, donde se recogen las notas de gastos de los últimos años de la administración nazarí y se citan expresamente los derivados de la mezquita alcazabeña. Sin embargo, el rastro documental se pierde posteriormente, debido al terremoto sufrido por Almería en noviembre de 1487.

Las consecuencias de este episodio se hacen patentes cuando se produce el traspaso de poderes entre el último rector de la ciudad –el rey Zagal– y Fernando II de Aragón, ya que uno de los actos simbólicos que tuvieron lugar tras la capitulación de 1489 consistió en colocar la cruz y el pendón de Santiago ondeando en la torre más alta de la Alcazaba, que aún estaba en pie. Tal fue la visión desoladora del cortejo sobre el caserío y las defensas de la plaza, que los Reyes Católicos ordenaron a su secretario Hernando de Zafra la inmediata rehabilitación de sus defensas y la construcción en su interior de un nuevo castillo capaz de garantizar la salvaguardia de las nuevas tierras anexionadas a la corona.

Las obras en la fortaleza se iniciaron de inmediato, acometiéndose las primeras tareas en 1490 con un desarrollo por fases hasta comienzos del siglo XVI. La primera noticia que se tiene de la Ermita de San Juan data de 1523, periodo en el que requiere reparos en su estructura, debido al terremoto que nuevamente asola Almería en 1522. Por entonces, el edificio era muy humilde y estaba vinculado a los frailes del Convento de San Francisco. En 1558 se decide equiparlo con un pequeño retablo acompañado por sendas imágenes de la Virgen y el Crucificado.

La decadencia de la Alcazaba entre los siglos XVII-XIX motivó que desde 1632 la ermita acusara serios problemas de mantenimiento. Este estado llegaría su punto álgido en 1836, periodo en el que la planimetría histórica la presenta sin cubierta y, por ende, sin uso. Precisamente, en dicho periodo, con motivo de la refortificación de urgencia a la que se somete la ciudad para frenar su posible implicación en la Primera Guerra Carlista, sus muros se sanean, recalzan y revisten, con la intención de utilizarla como cuartel o almacén de pertrechos.

Con la aprobación en 1855 del derribo de las murallas, la plaza militar agiliza la descomposición de sus defensas; aunque la Alcazaba, desafectada inicialmente para el uso militar, es recuperada por el ramo de guerra sin función definida, debido a su valor estratégico. El paso del siglo XX será muy significativo, ya que en sus primeros años la fortaleza se reabre con motivo de la instalación en ella de una estación radiotelegráfica para conectar la Península con el norte de África. En paralelo, comienza a gestarse un sentimiento de defensa de sus restos, testigos de la historia la ciudad. Así, en 1931 es declarada Monumento Histórico-Artístico, aunque su restauración no se inicia hasta después de la Guerra Civil.

La recuperación de la ermita se lleva a cabo por el arquitecto conservador de la Séptima Zona, Francisco Prieto-Moreno Pardo, quien proyecta su adaptación para uso cultural en 1968. Desde entonces, requiere numerosas intervenciones de mantenimiento.

El proyecto llevado a cabo en 2005 supone la adaptación del espacio como sala de conferencias. Para este fin, se procede a una limpieza de paramentos interiores y se lleva a cabo una importante modificación de las instalaciones dotando al espacio de una climatización general con un sistema de conductos fijados a la parte inferior del forjado de cubierta, que permanecen ocultos a la vista gracias a un panel longitudinal, descolgado y acabado en madera que lleva acopladas las instalaciones de iluminación y las salidas de aire.

El conjunto es perfectamente accesible al mantenimiento. El muro final de la sala se cierra con una estructura ligera que sustenta un panel fonoabsorbente de cartón yeso dejando un espacio auxiliar accesible. Este nuevo paramento, pintado en color blanco, sirve como telón de fondo a la sala.