La actuación en la Lonja de la Capilla Real se concibe para la mejora de la visita al monumento, por entonces el más frecuentado de la ciudad después de la Alhambra. Dicho espacio pierde tempranamente su función como edificio público de carácter comercial, debido a la rivalidad que ejercen otras zonas de la ciudad que asumen paulatinamente sus competencias. Posteriormente, desde los años cuarenta del siglo XX, es utilizado como antesala turística de la famosa capilla, periodo en el que se compartimenta con muros interiores para delimitar los espacios de taquilla y Sala del Cabildo.

La lonja había perdido toda conexión con el exterior, al haberse cegado todas las aberturas practicadas en los muros que cerraban los intercolumnios de su fachada, configurándola como una caja cerrada, cuando originalmente fue concebida como un espacio abierto a la ciudad. Los cuatro huecos se hallaban cerrados hacia la plaza a través de sendas celosías, excepto el correspondiente al acceso, formalizado con una portada de piedra acorde con su función de entrada principal. Posteriormente, dichas celosías fueron cegadas con obra de fábrica practicando aberturas a través de los nuevos muros en el centro de los vanos, como muestran las fotografías de principios de siglo XX.

Tanto estas últimas como los citados muros adquieren una función de afianzamiento de la estructura del cuerpo bajo, muy esbelta y realizada en una piedra de escaso papel portante; sobre todo, teniendo en cuenta que la Lonja, concebida inicialmente como un solo cuerpo de edificación, sufre un añadido como compensación al litigio mantenido entre el cabildo municipal y el de la propia  Capilla Real por la propiedad del solar.

La excavación arqueológica realizada con motivo de la intervención resultó de gran interés porque permitió analizar varios aspectos relacionados con la historia urbana de Granada y con el monumento. Así, se estableció un nivel primitivo del espacio público que ordenaba edificios de gran importancia como la mezquita aljama, la madraza y el zoco medievales. Como singularidad, se hallaron los restos de un aljibe en cuyo centro apareció un basamento octogonal ejecutado en ladrillo, muy bien conservado. En la parte interior de la Lonja continuaba el basamento octogonal y se encontraron gran cantidad de yeserías nazaríes procedentes de una estructura aérea que descansaba sobre el centro del aljibe. La cimentación de la Lonja era superficial y estaba apoyada, sobre una banda de pilares de ladrillo del aljibe y sobre el pavimento nazarí de guijos, colocado sobre el terreno limoso propio de la zona.

La riqueza de los materiales encontrados y los datos obtenidos de las cimentaciones documentadas fueron razones más que suficientes para aceptar las consecuencias de la propia metodología de trabajo, rechazando cualquier destrucción o transformación del subsuelo y tomando precauciones especiales para la transformación del lienzo de la fachada apoyada en el aljibe y en la superficie del pavimento nazarí. Por otra parte, de acuerdo con el equipo de arqueólogos e historiadores que asesoraron la intervención, se debía proceder al enterramiento de las estructuras encontradas, ya que su exposición permanente al público no ofrecía las condiciones de integridad y legibilidad mínimas requeridas.

Finalmente, por lo que respecta a la lonja, en esta nueva etapa y desde el proyecto de restauración, se concibió como el ámbito de recepción de la Capilla Real, un gran vestíbulo caracterizado por la limpieza de su espacio y la visibilidad de su techo de encasetonado, de madera de gran valor plástico, que antes pasaba desapercibido. En los muros ciegos hacia la plaza se practicaron grandes aberturas en las que se emplazaron vidrios continuos como referencia a los huecos originales y a su papel como lonja. Las zonas altas, donde permanecían las celosías de piedra, se acababan hacia el interior con carpinterías de madera para permitir la ventilación natural. De esta forma, el espacio adquiría una luz sorprendente a través de los vitrales y una gran diafaneidad hacia el exterior, más acordes con su función original y sin perder de vista los distintos avatares de la construcción.